斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
三年前，云岚宗少宗主纳兰嫣然贸然退婚，倍感耻辱的萧炎遂与纳兰嫣然定下三年之约。为了这个约定，萧炎一直修炼不息，从魔兽山脉到塔戈尔沙漠的历练，从炼丹到吞噬异火的焚身之痛，都为证明那句话：“三十年河东，三十年河西，莫欺少年穷”。如今，萧家男儿必将迎难而上，永不退缩，萧炎的成长之路仍在继续……
千年前，神将飞蓬与魔尊重楼于新仙界中大战，神剑“照胆”跌落人间，飞蓬被贬下凡。千年后，蜀山锁妖塔震荡，获得魔剑的飞蓬转世——景天，与唐雪见、徐长卿及紫萱几人开始了一场为收集五灵珠封印锁妖塔的冒险。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
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