赢得东大陆比云山决赛冠军后，超星车队来到下一个奖杯所在的南大陆，并在修修镇居民们的邀请下，代表小镇出战超竞速大奖赛。猪猪侠和星航以赛代练，一边学习南大陆的赛车特点一边晋级，可猪猪侠却因长期兼顾赛车和英雄任务而积劳成疾，不得不暂时离队。在猪猪侠的鼓励下，星航与新搭档芸芸尽力配合，重振车队击败南大陆最强的飚速三杰中的第一个强敌——风鹤，闯入更高级别的赛事。然而，更快更强的对手，正在前方等着超星车队的挑战。
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基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
