这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
喜欢枪枝的不良少年．一之濑四季在某天突然变成了「桃太郎机关」驱除追杀的目标，这是因为他其实继承了鬼的血统！而将其扶养长大、没有血缘关系的养父原来以前曾经是桃太郎机关的成员之一！在知晓这些惊人真相的同时，四季的养父也遭到桃太郎机关的成员．桃屋重创，但这样的惨剧竟然导致四季过度愤怒而爆发出潜藏的力量…！
