据IGN报道，《尼尔：自动人形 Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预告。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。 然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……
喜欢枪枝的不良少年．一之濑四季在某天突然变成了「桃太郎机关」驱除追杀的目标，这是因为他其实继承了鬼的血统！而将其扶养长大、没有血缘关系的养父原来以前曾经是桃太郎机关的成员之一！在知晓这些惊人真相的同时，四季的养父也遭到桃太郎机关的成员．桃屋重创，但这样的惨剧竟然导致四季过度愤怒而爆发出潜藏的力量…！
